Mae papur pecynnu yn ddeunydd mandyllog; mae ei strwythur sylfaenol yn cynnwys ffibrau planhigion ac ychwanegion ategol, gan roi priodweddau hydroffilig cryf iddo. Pan fydd yn agored i leithder, mae papur yn cael ei ddadffurfio; mewn achosion difrifol, gall ddatblygu smotiau llwydni, ac yn ystod storio, mae'n dueddol o afliwio a gostyngiad mewn cryfder tynnol.
Rhaid cadw warysau storio yn sych, a dylid rheoli lefelau lleithder amgylcheddol yn llym. Wrth bentyrru papur, dylid ei ddyrchafu gan ddefnyddio sliperi pren - wedi'u lleoli tua 25 mm uwchben y llawr-a'u cadw bellter o'r waliau. Dylid cynnal bylchau sylweddol rhwng paledi i hwyluso awyru digonol. Ar ôl eu pentyrru, dylai'r papur a'r paledi gael eu lapio'n ddiogel gyda'i gilydd gan ddefnyddio ffilm ymestyn. Dylid archwilio'r rhestr o bryd i'w gilydd-gan roi sylw arbennig i gyflwr y rhan fwyaf o'r paledi gwaelod-a dylid glynu'n gaeth at yr egwyddor "Cyntaf, Cyntaf" (FIFO) er mwyn atal dirywiad papur a achosir gan storfa hirfaith. Yn ystod y defnydd-yn benodol ar ôl hollti neu yn ystod y broses argraffu-dylid lapio unrhyw sbarion papur dros ben neu stoc nas defnyddiwyd ar unwaith mewn ffilm ymestyn i'w hamddiffyn rhag lleithder.
Wrth gludo eitemau bregus, gellir defnyddio papur pecynnu crychlyd fel deunydd llenwi gwag i feddiannu lleoedd gwag yn y cynhwysydd cludo, a thrwy hynny atal eitemau rhag symud a chrafiadau arwyneb [16]. Mae blychau cardbord wedi'u hadeiladu o bapur pecynnu hefyd angen amddiffyniad rhag lleithder; ar ben hynny, o ystyried eu pwynt tanio isel, rhaid dilyn rhagofalon diogelwch tân arbennig wrth storio. Ni ddylid ailddefnyddio blychau cardbord a fwriedir ar gyfer pecynnu bwyd, gan fod hyn yn peryglu ymlediad bacteriol ac yn peryglu diogelwch bwyd.